第一批 1984年8月 22所：
中國人民大學、清華大學、北京理工大學、北京航空航天大學、北京科技大學、中國農業大學、北京醫科大學（后并入北京大學）、北京師范大學、天津大學、南開大學、哈爾濱工業大學、吉林大學、復旦大學、上海交通大學、浙江大學、南京大學、武漢大學、華中理工大學（今華中科技大學）、國防科學技術大學、西安交通大學、上海醫科大學（后并入復旦大學）
第二批 1986年4月 10所：
中山大學、東南大學、東北大學、大連理工大學、廈門大學、華東師范大學、中國地質大學（北京、武漢）、西北工業大學、同濟大學、中國協和醫科大學（今北京協和醫學院—清華大學醫學部）
第三批 2000年6月 22所：
北京郵電大學、北方交通大學（今北京交通大學）、北京林業大學、東北師范大學、華東理工大學、南京航空航天大學、南京理工大學、中國礦業大學（北京、徐州）、南京農業大學、山東大學、中國石油大學（北京、華東）、湖南大學、中南大學、華南理工大學、四川大學、重慶大學、西南交通大學、電子科技大學、西安電子科技大學、蘭州大學、中國人民解放軍第二軍醫大學、中國人民解放軍第四軍醫大學。
我國大學分五批建立了57所研究生院，各批研究生院沒有本質上到區別，第一批是一些公認著名大學所建到研究生院，而第二批則是比較著名的大學所建立的研究生院，此后三批研究生院大部分是為了平衡地區、部門、行業等而建的研究生院。
在我國，研究生院（部、處，下同）是指：
①在承擔研究生培養任務的單位中，負責組織實施研究生教育工作的內設部門；②專門承擔研究生培養任務的獨立機構。前者又可稱為“處室部門型研究生院”或“非實體性研究生院”，性質與高等學校內的招生辦、教務處、學生處等職能處室相同；后者則可稱為“獨立法人型研究生院”或“實體性研究生院”，是一個從事高等教育的公益類事業單位法人。
另從研究生教育舉辦主體的角度看，我國目前的研究生院又可分為高等學校研究生院、科研機構和黨校研究生院兩種。前者基本上都是非實體性研究生院，如北京大學研究生院；后者中有的則屬于實體性研究生院，如中國社會科學院研究生院。
無論是“獨立法人型研究生院”、“處室部門型研究生院”，抑或高等學校研究生院、科研機構和黨校研究生院，其開展的研究生教育均納入國民教育序列：
經國務院學位辦授權設立碩士點、博士點；招生納入國家計劃編制，指標由教育部、國家發改委下達；碩士生入學須參加全國統一考試，博士生入學考試依照教育部統一規定進行；學籍、 學歷、學位均由教育部、國務院學位辦統一注冊、頒發和認證；畢業生受到用人單位和社會的同等認可。
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