馬尾歷史悠久,是中外聞名的貿易港口、著名的僑鄉、中國近代海軍的搖籃、中國近代航空事業的發源地、中法海戰的古戰場。自1982年成立馬尾區、1985年起經國務院批準成立福州經濟技術開發區后,經過20多年的開發建設,昔日古港小鎮今已發展成為集國家級開發區、保稅區、臺商投資區、科技園區、顯示器件產業園、出口加工區、生態工業園區、國家科技興貿出口創新基地等特殊經濟功能于一體的產業聚集突出的外向型工業園區和創新型和諧社區。
馬尾名稱的由來,據《閩縣鄉土志》閩東下游浮礁若馬,礁西馬頭江、礁東馬尾江,舊鎮在馬尾江邊,才叫馬尾,又稱馬江。馬尾歷史悠久,東漢光帝建武元年(公元25 年)各地商船經過馬尾來往福州,開始了水上貿易,馬尾一帶人口漸繁。五代閩王王審知發展對外貿易,初步開拓了馬尾港。明憲宗成化十年(1474年)市舶司從泉州移設福州,琉球商人紛紛經馬尾赴榕,馬尾港的地位更為突出。
1840年鴉片戰爭,中國被迫開辟五口通商。福州是五口之一,各國兵商船來福州均停泊于馬尾港。1866年,洋務派在馬尾創辦船政,聘法國人建廠制造輪船,次年創辦船政學堂,馬尾成為我國近代科技隊伍萌生和形成的基礎。1884年8月23日,馬尾爆發了中法海戰,法艦發起突襲,我海陸官兵及民眾奮起抗戰,譜寫出可歌可泣、氣壯山河的篇章!1949年8月16日中國人民解放軍第十兵團第三十一軍全殲馬尾港守敵,宣告馬尾區解放,從此馬尾歷史翻開了新的一頁。
馬尾,民國初叫馬江鎮,解放前屬林森縣第二區,設馬江鎮公所。1951 年設馬尾鎮人民政府,屬閩侯縣第三區公所。1982年8月28日設馬尾區, 轄馬尾鎮(1984年改為馬尾街道)、馬尾公社(1984年4月改為馬尾鄉,1994年3月21日撤鄉建鎮)直屬福州市。1995年12月15日馬尾街道更名為羅星街道。1996年1月1日,福州市轄區行政區劃調整,馬尾區轄羅星街道和馬尾、亭江、瑯岐三鎮,面積從原來的76平方公里擴大到274平方公里, 2000年瑯岐設立經濟區。2003年2月27日新增魁岐等5個村。據區國土資源局統計,2006年末全區土地面積189.96平方公里。至2006年末馬尾區轄羅星街道和馬尾、亭江兩鎮,全區戶籍人口9.26萬人,12個社區,35個村委會。
1984年4月在馬尾設立經濟技術開發區,首期開發面積4.4平方公里,后經國務院批準,1985年1月23日,正式設立福州經濟技術開發區。1989年5 月國務院批準在福州經濟技術開發區設立福州臺商投資區,面積1.8平方公里。1991年3月國務院批準設立福州高新技術產業開發區馬尾科技園。1992年11月19 日國務院批準在馬尾設立福州保稅區,面積1.8平方公里,1993年1月18日正式運營。1993年1月,國務院批準福州經濟技術開發區沿閩江北岸向快安延伸,面積擴大至10平方公里。1993年1月1日,馬尾區與福州開發區“兩區合一”,實行兩塊牌子、一套行政機構。區內的福州港于1996年8月經交通部批準作為海峽兩岸定點直航試點口岸。2005年1月24日,商務部、國土資源部批準福州開發區在原有10平方公里的基礎上,再擴大13平方公里,其中長安投資區6平方公里、瑯岐2平方公里、林浦5平方公里。2005年5月16日,福州經濟技術開發區獲信息產業部授牌,成為首批“國家顯示器件產業園”。2005年6月3日,經國務院批準,在長安投資區內設立福州出口加工區,總用地1.14平方公里,并于2006年12月22日順利通過國家九部委驗收。2006年10月24日,國家級生態工業園獲批啟動建設。2006年12月4日,福州經濟技術開發區被商務部和科技部授予第一批18個“國家科技興貿出口創新基地”。