青芝寺位于福建省連江縣城南約10公里的青芝山。青芝山在連江縣官司頭鎮,原名“百洞山”。山上多奇石怪洞,因產靈芝得名青芝山。前人有詩贊:“寺產靈芝聞海外,山稱百洞重江南。”此山開辟于明萬歷天啟年間(1621-1627年)。經歷代修建已成一大名勝風景區。山中的松、巖、峰、巒、泉、洞,天然成趣。山水秀麗,有“一百零八景”之稱,其中較著者有五峰、十洞、十六巖、三十五石及一湖、三泉、三臺、三室。山中青芝寺,建于明萬歷年間(1573-1620年),由朝廷董尚書主持興建。清光緒十三年(1887年)重建后殿,1934年林森重修前殿。外觀似西式樓房,內部則是中國傳統建筑的殿宇,風格別致。四周有梅花樓、松風閣、嘯余廬、藏骨塔、第一亭、半山腰、栩園、慕園、觀光亭、同樂亭等亭臺樓閣十余處;并有數十處古代崖刻,有篆、隸、楷、行、草等字體,以明朝萬歷年間宰輔葉向高的草書詩刻最為著名。
青芝寺著名的祖師為覺非禪師,傳承法系為臨濟宗。寺院現存主要佛教建筑有中西合璧風格的大雄寶殿、大悲樓、觀音大士殿、玉佛洞、三圣殿等。該寺最重要的文物是由一整棵楠木雕刻的佛像及九世班禪送給林森先生供奉的白玉佛,均被寺僧視為鎮山之寶。
本寺自明朝建寺以來,一直只有一二僧人住持。光緒年間,興福禪師興建大士殿,僧人多至十五人,后漸衰落。至1984年10月,界修法師從中國佛學院畢業后住持青芝寺,興建東西兩客堂,住僧十五人,1990年,界賢法師應界修法師之邀前來住持青芝寺,先后蓋起大悲閣、選賢樓、玉佛閣等,住眾二十人。