全市境內水資源豐富,年均河川徑流量為119.66億立方米,占全省河川年均經流量6.65%;水資源總量為120.8億立方米,占全省水資源總量6.49%。主要河流有西江、潭江及其支流和沿海諸小河。西江、潭江、朗底水、蓮塘水、蜆崗水、白沙水、鎮(zhèn)壓海水、新昌水、公益河、新橋水、址山水、江門水道、天沙河、沙坪河、大隆洞河、那扶河等16條河流的集水面積均在100平方公里以上。西江干流于境內長76公里,自北向南流經鶴山、江門市區(qū)和新會、經磨刀門、虎跳門出海,境內流域面積1150平方公里,出海水道寬闊,河床坡降小,水流平緩,灘涂發(fā)育。其中江門水道稱江門河,又稱蓬江,從東北向西南橫貫江門市區(qū),與潭江相匯,經新會銀洲湖、崖門注入南海。潭江自西向東流經恩平、開平、臺山、新會,經銀洲湖出崖門注入黃茅海,干流于境內長248公里,境內流域面積6026平方公里。全市蓄水工程2340宗,總庫容量34.2億立方米。其中大中型水庫32宗,庫容量共18.49億立方米。水力理論蘊藏量41.38萬千瓦,其中可裝機容量24.24萬千瓦,約占58.6%。此外,還有豐富的地下水資源,總計436.7萬噸/日。江門市耕作土壤土質肥沃,墾耕歷史悠久。全市耕地面積241萬畝,占土地總面積的17%,人均耕地面積0.63畝。沿海潮間帶灘涂34.35萬畝,已利用灘涂26.29萬畝;內陸江河灘涂2萬畝。全市森林總蓄積量830.2萬平方米,森林覆蓋率43%,林業(yè)用地綠化率87.6%。西北部、南部山地有原始次生林數千公頃,生長野生植物1000多種。其中古兜山有野生植物161科494屬924種,有國家重點保護植物紫荊木、白桂木、華南杉、吊皮錐、繡球茜草、海南石梓、粘木、巴戟、火力楠、藤槐等。在恩平市七星坑亞 熱帶次生林區(qū),經專家考察鑒定,植物種類有735種,其中刺木沙欏等12種屬國家級和省級珍稀瀕危保護植物,有2種植物形狀奇特。境內野生動物有獸內100余種、鳥類500余種、蛇類100多種、昆蟲類200多種,其中山豬、小靈貓、山蛤、龜、鷓鴣、鱉、蛇、穿山甲等于西北部山地常見。沿海和近海經濟魚類有800多種,其中經濟價值較高的有100多種,年捕撈量1萬噸以上的有15種。境內優(yōu)質礦泉和溫泉分布廣泛。已探明的礦泉有9處,已通過勘查評價并開發(fā)的有4處,其中開發(fā)成規(guī)模的有1處。溫泉分布于恩平市的那吉鎮(zhèn)、良西鎮(zhèn),臺山市的三合鎮(zhèn)、都斛鎮(zhèn),新會市的崖南鎮(zhèn),開平市的赤水鎮(zhèn)。其中,流量最大的是臺山市三合鎮(zhèn)的臺山溫泉和新會市的崖南鎮(zhèn)的古兜溫泉,日流量達3000立方米;水溫最高的是臺山市都斛鎮(zhèn)的莘村溫泉,水溫達73℃。