1949年3月瓊崖區黨委根據黨中央關于實行民族區域自治的批示頃白沙縣毛棧鄉(今五指山市毛陽鎮)成立了“瓊崖少數民族自治區行政委員會”,管轄白沙、保亭、樂東3個縣,陳克文任主任,王國興(黎族)任副主任。
1951年1月,海南軍政委員會決定進行新區域劃分,同時撤銷瓊崖少數民族自治區行政委員會。1952年4月根據《中華人民共和國民族區域自治實施綱要》的規定,成立海南黎族苗族自治區人民政府籌備委員會,選舉王國興等35人為籌委人委員,通過了成立海南黎族苗族自治區人民政府工作草案。同年6月25日,海南黎族苗族自治區首屆各界人民代表會議在樂東縣抱由鎮舉行,會議討論通過了《海南黎族苗族自治區人民政府組織條例》,選舉王國興等21人為自治區人民政府組織成員,王國興(黎族)當選為主席,
1953年7月自治區首府從抱由鎮遷到保亭縣沖山鎮(今五指山市沖山鎮),1954年1月將原屬海南行政區的崖縣、陵水兩縣劃歸自治區管轄,范圍擴大到7個縣。1955年10月,海南黎族苗族自治區第一屆人民代表大會第二次會議在通什鎮召開,會議根據1954年頒布的《中華人民共和國憲法》和《中華人民共和國地方各級人民代表大會和各級人民委員會組織法》的規定,宣布將海南黎族苗族自治區改為海南黎族苗族自治州,并將自治區人民政府改為自治州人民委員會。會議選舉王國興(黎族)為州長,林岳川(黎族)為副州長。1958年11月,根據中共廣東省委的決定,撤銷中共海南黎族苗族自治州州委,州人民委員會遷到?谂c海南行政公署合署辦公。1961年1月,經中共廣東省委批準,恢復自治州原辦事機構,并于1962年3月遷回到通什鎮辦公(今五指山市)。1961年新成立的昌江縣劃歸自治州管轄,這一時期,自治州下轄8個縣。1966年下半年,自治州開展“文化大革命”。1984年5月,經國務院批準,崖縣撤縣成立三亞市(縣級),1986年6月,經國務院批準,通什市成立(縣級),至此,自治州共管轄7縣2市,繼續享受民族區域自治政策優惠待遇。1987年12月,根據中共中央、國務院的決定,海南建省辦經濟特區,同時撤銷海南黎族苗族自治州。
2001年7月該市由通什市更名為五指山市。下轄沖山鎮、南圣鎮、毛陽鎮、番陽鎮、水滿鄉、暢好鄉和毛道鄉7個鄉鎮。