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伊利諾伊大學TCB集團聯系人名錄10
來源:網群國際    瀏覽:

TCB集團理論和計算生物物理組(廓爾喀士兵訓練中心旅),大分子建模和生物信息學研究中心,是由Klaus Schulten教授在1989成立,位于伊利諾伊大學的貝克曼研究所(美國伊利諾大學香檳分校)。該集團是由Klaus Schulten教授(物理)和Alek Aksimentiev教授(物理),laxmikant羽衣甘藍(計算機科學)、Zaida Luthey Schulten(化學)、Emad Tajkhorshid(生物化學、生物物理學、藥理學)。在活細胞對超分子體系的結構和功能的廓爾喀士兵訓練中心旅重點研究和開發(fā)活動,以及對新的算法和高效的物理生物計算工具的發(fā)展。

 

廓爾喀士兵訓練中心旅帶來最先進的分子模擬,生物信息學,并承擔對生物醫(yī)學相關問題的計算技術。我們擴展、改進和交付這些技術,以響應廣泛生物醫(yī)學研究領域的實驗進展和新出現的需要。我們通過與實驗研究人員直接合作、分發(fā)尖端和用戶友好的軟件,以及通過廣泛的培訓、服務和傳播努力,擴大了我們工作的影響。

 

由國立衛(wèi)生研究院,美國國家科學基金會和其他聯邦政府和私人機構的廓爾喀士兵訓練中心旅龐大的多學科團隊從事的現實環(huán)境中的大分子系統(tǒng)的建模,并產生了突破性的見解生物過程耦合與機械力的作用,在代謝和視覺的生物電子工藝與膜蛋白質的作用機制。我們致力于進一步發(fā)展可以將結構信息與生物信息學數據庫和分子動力學模擬相結合的分子建模工具,可供廣大觀眾使用;高性能的分子可視化和模擬軟件,能夠在100000000個或更多原子的真實環(huán)境中模擬生物分子;在量子生物學、力學生物學領域的分子建模的概念和方法的基礎上,和交互建模;生物醫(yī)學理論與實驗研究人員的合作;通過網絡支持的協(xié)作環(huán)境支持整個研究過程和培訓;以及利用基于網絡的分子圖形和集成建模技術的服務、培訓和傳播我們的研究在大學實驗室合作,研究機構和行業(yè)在美國和世界各地的物理機制探討的光能轉換為電膜電位和ATP合成的光合系統(tǒng),以及在活細胞中儲存遺傳信息的控制。的廓爾喀士兵訓練中心旅開發(fā)的經典和量子動力學數值實驗,利用生物大分子運動理論、非平衡統(tǒng)計力學、彈性理論和無序系統(tǒng)理論。

 

我們的技術努力集中在開發(fā)高效的軟件,有利于發(fā)現過程,從分析,通過建模,可視化的生物細胞中的分子裝置。該軟件支持合理的藥物設計,并可免費獲得(源代碼和二進制文件)實驗室,生物分子聚集體的發(fā)現和測量。觸覺(力反饋)接口,與廓爾喀士兵訓練中心旅的可視化程序VMD和并行仿真引擎NAMD集成,使研究人員能夠進行交互的分子動力學(IMD)組內的協(xié)作環(huán)境,達到。以達到研究人員能夠可視化信息,共享資源,相互交流和研究工具,通過一個共同的基礎設施和跨越距離理論和計算生物物理組包括教師、博士后、研究生、軟件開發(fā)人員和管理員的會員。這個成員包括各種學科,如物理,生物物理學,計算機科學和其他領域,每一個有助于該小組的計算和研究目標。這些學生接受培訓通過在集團任職獲得學位通過家庭部門在UIUC校園(關于如何申請UIUC去這里),然后加入畢業(yè)生和前組成員的令人印象深刻的記錄。

 

軟件開發(fā)

我們的技術努力的重點是開發(fā)高效的軟件,有利于發(fā)現過程的分析,通過建模,可視化生物細胞中的分子裝置,支持整個研究過程中的協(xié)作工作。該中心的VMD軟件程序是一個高性能、跨平臺的分子圖形查看器,用于(在其他任務)顯示靜態(tài)和動態(tài)的結構,觀察序列的信息,以及結構的生成和動態(tài)分析。高度重視NAMD軟件程序是一個屢獲殊榮的并行分子動力學模擬,能夠擴展到幾百或幾千個處理器,用于蜂窩系統(tǒng)的大規(guī)模建模。該中心還研究了GPU計算加速分子建模應用,利用GPU加速的數字密集的科學應用,如分子模擬。發(fā)展的追求,也包括創(chuàng)建軟件方便靈活的分子動力學(油),一個靈活適用的原子結構,密度圖的方法,以及晶格微生物軟件包的有效采樣軌跡在高性能計算。該中心還開發(fā)了達到協(xié)同環(huán)境,為生物醫(yī)學研究提供實驗室工作管理工具、圖書管理、共享可視化整合與VMD,和遠程合作者互動的工具。各種其他軟件程序有助于填補這些程序所留下的空白。

 

科學研究

生物醫(yī)學科學正在從結構決定的創(chuàng)新新技術、全基因組水平的DNA測序、單分子的直接操作和觀察中獲得豐富的數據。理論和計算生物物理學小組通過最先進的分子模擬、生物信息學和計算技術來補充這些努力,并根據實驗進展來擴展和改進這些技術。我們的研究主要集中在現實環(huán)境中的大分子系統(tǒng)建模。這些努力已經產生洞察生物過程耦合的機械力的作用,在代謝和視覺的生物電子的過程,并與膜蛋白的作用機制。研究領域包括膜生物學、力學生物學,納米工程、生物能、轉向/交互式分子動力學、量子生物學、神經生物學、X射線/冷凍EM建模與油,和各種系統(tǒng)。一批帶動生物醫(yī)學工程,每一個涉及到的軟件工具的廓爾喀士兵訓練中心旅重大技術挑戰(zhàn),有時需要新的工具幫助開發(fā)組內的驅動的開發(fā)與研究。

 

作為國家普通醫(yī)學科學研究所(NIGMS)大分子建模與生物信息學中心,NIH的研究人員和其他廓爾喀士兵訓練中心旅支持(包括校內及校外)在基本的細胞過程的物理機制的研究,提供了計算技術相結合的結構和序列數據的數學和計算模型。樣品研究集中在膜能量傳導和運輸以及細胞的機械功能上。這些合作努力的結果,和廓爾喀士兵訓練中心旅成員其他的研究工作,可以在集團的大量出版物數據庫發(fā)現。

 

外展-服務、培訓和傳播

廓爾喀士兵訓練中心旅的關鍵任務是對外宣傳,如通過服務、培訓類,和傳播。服務工作活動由集團為了提供生物醫(yī)學研究人員訪問研究,技術和專業(yè)知識開發(fā)的廓爾喀士兵訓練中心旅。服務目標的表現包括計算設備的發(fā)展和集團維持,包括大內存計算機和計算集群,網站設計與維護方便廓爾喀士兵訓練中心旅軟件及出版物下載,協(xié)商和外部團體的硬件測試、軟件現場演示,研討會計劃帶來的學術和其他講師開研討會在UIUC校園,并提供軟件工具,該集團的其他軟件的努力補充。培訓包括工作坊、設計、利用、更新教程,講座和介紹廓爾喀士兵訓練中心旅軟件,學術類,廓爾喀士兵訓練中心旅成員的教育,和現場的廓爾喀士兵訓練中心旅游客中心外部科學家的培訓和訪問項目。傳播力度是那些活動中,廓爾喀士兵訓練中心旅拿什么是已開發(fā)、研究和軟件,并介紹了它在生物醫(yī)學社區(qū)通過多種渠道。包括傳播傘下相互作用與各種媒體、刊物、演講、談判、演示的廓爾喀士兵訓練中心旅教師,員工,學生,授予使用許可廓爾喀士兵訓練中心圖像和電影

 

How To Reach Us

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Software Support VMD Support Resources and Contacts No phone support is available. Contact directions are provided on software support pages at left.

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BioCoRE Support Resources and Contacts

Main Group Contact Kelly Young Theoretical and Computational Biophysics Group

3151 Beckman Institute

405 N Mathews Ave

Urbana, IL 61801 217/333-9734 kiyoung**[ta]**uiuc.edu

Faculty Emad Tajkhorshid 3009 Beckman Institute

Urbana, IL 61801 217/244-6914 emad**[ta]**uiuc.edu

Laxmikant Kale 4212 Siebel Center

201 N Goodwin Ave

Urbana, IL 61801 217/244-0094 kale**[ta]**inois.edu

Zan Luthey-Schulten A544 Chemistry and Life Sciences Building

600 S Mathews Ave

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Alek Aksimentiev 3025 Beckman Institute

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System Administration Paritosh Garg 3139 Beckman Institute

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Office Staff Donna Fackler 3151 Beckman Institute

Urbana, IL 61801 217-300-***

dfackler**[ta]**uiuc.edu

Kelly Young 3151 Beckman Institute

webserver**[ta]**uiuc.edu

 

AHS任務

應用健康科學學院的使命是推動研究,教學和公眾參與,促進健康,宜居社區(qū)的發(fā)展,促進殘疾人的最佳生活,促進整個生命周期和整個多元社會的健康和保健。

學院可以追溯到1895年,建立了體育部門。以下歷史和時間表總結了應用健康科學學院的發(fā)展。請訪問以下頁面,查看過去的杰出院長,主任和教職員工。

應用健康科學學院院長和主任

服務和研究里程碑

社區(qū)健康

1957年成立為健康與安全信息部,后來被稱為健康與安全研究

1992年更名為社區(qū)衛(wèi)生部

2005年與運動學系合并

運動學

1895年成立為男子體育鍛煉部和婦女體育鍛煉部

部門包括運動協(xié)會

1972年,男子體育和女子體育合并

1987年更名為運動學

2005年與社區(qū)衛(wèi)生部合并

娛樂,體育和旅游

1957年成立為娛樂部門,后來被稱為娛樂和公園管理部門

1975年更名為休閑研究系

2004年更名為娛樂,體育和旅游

言語與聽覺科學

原為文科學院言語矯正系; 改名為言語與聽力科學; 1991年加入應用生活研究學院

康復教育服務

康復教育服務于1948年成立; 1962年加入應用生活研究學院。1994年,康復學術課程轉入社區(qū)衛(wèi)生學系

康復教育服務部于2004年更名為殘疾資源和教育服務部

健康,老齡化和殘疾中心

成立于2006年,旨在通過跨學科研究,教育和外展活動促進整個生命周期的健康和保健,并特別強調健康老齡化和殘疾問題

伊利諾伊大學厄巴納 - 香檳分校

 

110霍夫大廳

南四街1206

香檳,IL 6***

MC-586

電話:(217333-***

傳真:(217333-***

 

Marni D. BoppartSc.D.,副教授

mboppart**[ta]**inois.edu

電話:(244-***

傳真:217244-***

 

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