昔日該鄉稱為石碇堡,隸屬淡水廳。日據時代全鄉劃分石碇、格頭、楓于林三區,1920年實施地方制度,三區合并一莊,置莊長,設莊役場于石碇,并設協議會,諮問施政,隸臺北州文山郡;全莊劃分十五保,各置保正一人,執行基層行政。至1945年8月臺灣省光復,由臺北州接管委員會接管后,改稱石碇鄉,行政區域就原有十五保改為十一村,分轄140鄰。至1953年,再劃分為十四村,至1975年8月,原玉桂村因人口他遷轉業,不符設村條件,合并豐田村。
石碇鄉目前行政區域劃分為石碇、潭邊、烏涂、彭山、豐田、隆盛、豐林、中民、永定、光明、格頭、永安等十二村,共107鄰。