馬耳他的優惠政策比較多，主要分為歐盟鼓勵政策和馬耳他政府的鼓勵政策。
歐盟鼓勵政策有:
【歐盟地區發展補貼】歐盟地區發展補貼主要用于：（1）創造和保證持續就業的生產性投資，主要是通過直接援助中小企業的投資；（2）基礎設施投資；（3）通過支持地區和當地發展的措施開發內在潛力；（4）有關技術支持。
【歐盟凝聚基金】對人均國民總收入（GNI）低于歐盟平均水平90%的成員提供資金，主要用于貫通歐盟的交通網絡項目，以及與環境有關的項目，包括有益于環境、提高能源效率、使用可再生能源、發展軌道交通、加強公共交通等項目。
【歐盟凝聚政策項目】下設三個計劃：“歐盟地區支持項目的共同援助計劃”，主要支持交通和其他領域投資不超過5000萬歐元的項目和環境領域不超過2500萬歐元的項目。“中小企業共享歐盟資源計劃”，主要支持歐盟地區的中小企業擴大規模、新企業新技術的創立、創新投資和對中小企業的技術轉移。“在城市區域持續投資的共同歐盟支持計劃”，主要用于支持由于公共資源短缺所造成的投資需求的增長，以及綜合性城市發展政策所需投資。
政府鼓勵政策有:
根據《馬耳他企業法》，馬耳他對外國投資者提供一攬子優惠政策，鼓勵其投資促進經濟和就業的制造業，以及提供維修、保養服務的企業。馬耳他對醫藥、塑料、生物技術、電子、電器設備和信息技術服務領域的外國投資還有特殊的鼓勵政策。但沒有地區性鼓勵政策。
【稅收優惠】
（1）所得稅減免。通常情況下，馬耳他企業所得稅稅率為35%。為鼓勵投資，對制造業、修理業、漁業、大規模農業和畜牧業以及林業、旅游業、傳媒業、出口型企業以及按“馬耳他自由港法”成立之企業，經批準可以享受5%、10%或15%的所得稅稅率。政府規定的所得稅減免期為：營業前7年，所得稅率為5%；接下來6年，所得稅率為10%；再接下來5年，所得稅率為15%。
（2）稅收返還。符合鼓勵類的投資項目，投資方可享受稅收返還政策。或從設備投資額中減免，或從前兩年新創造的就業崗位工資費中減免。按投資額給予減免的限額為：
①大型企業不超過其投資額的30％;
②中型企業不超過其投資額的40％；
③小型企業不超過其投資額的50％。
（3）增值額返還。該措施適用于那些無法享受所得稅減免的企業。該類企業可在繳納新增值部分的稅款時，其應繳稅款在頭7年、隨后的6年以及再后面的5年分別為5％、10％和15％。
（4）投資抵扣。設備投資總額的50%和廠房投資總額的20%可從應繳稅款中扣除。
（5）再投資利潤所得稅減免。經批準的再投資，其所得稅稅率將從35%降到19.25%。
（6）對國際貿易公司稅收政策。馬耳他政府限制歐盟之外國家的投資者在馬耳他設立針對本國市場的貿易公司，但允許設立國際貿易公司。國際貿易公司（ITC）是指那些專門從事與馬耳他之外的國家和地區進行貿易的馬耳他公司或居民。ITC公司的正常稅率是35%，但是如果公司支付給非馬耳他居民的股東紅利，該股東有權要求返還2/3的稅收。股東還有權就公司的稅收的抵免適用全面歸集系統，當ITC公司發放給其非居民的股東要征收27.5%的股息稅時，根據全面歸集系統下的抵免規定可以要求返還。最后ITC公司根據利潤分配給非居民的股息所要繳納的稅收實際減少到4.7%。
其他還有針對行業的政策,具體請參閱: http://www.maltaenterprise.com/en/support
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