元至元二十九年(1292年),在區境南部建立上海縣署;清道光二十五年(1845年),區境北部先后開辟為英租界和法租界,開始有“南市”、“北市”之說。1927年7月上海特別市政府成立后,南市老城廂地區劃入滬南區管轄。在1937年“八一三”抗戰爆發后的淪陷時期,滬南區改稱為南市區。
1945年抗戰勝利后,區境為上海第一區(黃浦)、第二區(老閘)、第三區(邑廟)、第四區(蓬萊)。當時上海市政府將全市分設30個區,第一區因瀕臨黃浦江,又以江名黃浦為區名,這是黃浦區得名之始。南市老城廂地區劃為邑廟區、蓬萊區。1949年5月上海解放后,兩區分別接管,并建立區人民政府,1959年12月邑廟、蓬萊兩區合并為南市區。1956年,黃浦、老閘兩區合并為黃浦區;1959年,邑廟、蓬萊兩區合并為南市區;1993年,黃浦區、南市區原浦東地區劃歸浦東新區。2000年,黃浦、南市兩區拆二建一,成立新的黃浦區。黃浦區委、區政府駐地:延安東路300號。
“黃浦”的地名得名于“黃浦江”:黃浦江,南宋名“黃浦”,清代始稱“黃浦江”,源自今上海市西部淀山湖,流經十一區,至北部吳淞口注入長江,為上海最大的河流,被譽為上海的“母親河”。1945年建區時,以境東河名命名為“黃浦區”。